Chem_peng

使用的软件：VASP, Origin, SshClient, vaspkit 一 光学性质计算 在完成结构优化和静态计算后，拷贝 scf 文件夹为 optic cp -rf scf optic 编辑 optic 文件夹下 INCAR INCAR SYSTEM=x ISTART=0 ENCUT=350 EDIFF=1E-5 IBRION=-1 # change POTIM=0.25 NSW=0 # change EDIFFG=-1E-2 ISMEAR=0 SIGMA=0.05 PREC=ACCURATE ISIF=2 NPAR=1 # change 4 to 1 #LWAVE=FALSE #LCHARG=FALSE LREAL=Auto #IALGO=48 ISYM=0 NBANDS=x # add LOPTICS=.TRUE. # add 注： NBANDS=x x 为 OUTCAT 中 NBANDS*2, 可使用 grep 命令查询 grep NBANDS OUTCAR 提交作业，计算完成后，可查看 OUTCAR 文件，有计算得出介电常数 (Dielectric constant) 的实部和虚部。 frequency dependent IMAGINARY DIELECTRIC FUNCTION (independent particle, no local field effects) E(ev) X Y Z XY YZ ZX frequency dependent REAL DIELECTRIC FUNCTION (independent particle, no local field effects) E(ev) X Y Z XY YZ ZX 使用 vaspkit 程序对计算结果进行处理。 二 vaspkit 的安装与使用 安装 Installation 使用 SshClient 将已下载的 vaspkit 导入 linux 服务器，安装步骤： tar -zvxf vaspkit.*.t...

汇报的是一篇在 jmca 上发表的文章，基于第一性原理计算，第四主族硫族化合物可以作为潜在高效的氧化还原催化剂。 首先介绍一下研究背景，总所周知，燃料电池是一种环境友好的能源转化装置 ，具有较高的能量转换效率和低污染的特点，有规模化应用的前景，当前制约其发展的关键便是其阴极氧化还原反应的效率问题。 1. 传统的电催化材料 Pt 及其合金，具有良好的催化性能，但 Pt 类材料也有明显的缺点，其中最主要的就是Pt益高昂的价格与电极循环过程中的不稳定性。 2. 寻找替代 Pt 的电极催化材料是一个提高燃料电池工作效率的思路。在以往的研究中，科学家在寻找 ORR 电极反应催化材料以替代价格高昂的 Pt 己经取代了一些进展。诸如新型石墨烯杂原子催化剂，二维结构的黑磷，但都有或多或少的问题。 3. GeS 及其衍生物具有类黑磷结构，且稳定性更优于黑磷，该文献便集中对 GeS 及其衍生物进行 ORR 理论研究，探索其是否具有成为高效电极催化剂的潜力 该研究使用的理论计算方法基于密度泛函理论，构建模型时采用导体屏蔽模型和标准氢电极模型，主要使用的软件包是 MS. 实验部分从以下五个方面逐步开展 1. GeS 及其衍生物的结构和电性质，文章基于电荷理论计算及分析，表明该材料可能作为 ORR 催化剂。 2. 该材料对于氧气分子的吸附解离，通过计算，得出氧气分子结合该材料的最优几何构型及其吸附能与解离能，可以看出其解离势能在降低，故氧气的吸附解离可正常进行。同时 SnS 由于其较低的结合能，发现在氧气环境下不稳定，故不适合作为催化剂。 3. 该材料对于 ORR 中间体的吸附，图示为各个中间体与该材料的吸附构型以及其吸附能，可看出材料对于 CO 具有较低的吸附能，推测材料对于 CO 有更好的耐受性。同时文章通过模拟发现，GeS 在酸性介质中具有较高的稳定性，该催化反应可能为四电子路径。 4. ORR 机制，图示为在酸性环境下，两种可能的催化机理，然后是通过两种机理所计算的反应自由能变化，可看到反应自由能一直在降低，该催化反应在热力学上可顺利进行，同时可通过对比发现，直接过程的第一步反应自由能降大于非直接过程，故该反应机理可能为直接过程。 5. 超电势的影响，文章计算了在酸性环境下各个物质的超电势，可看出 GeS 的超电势略高于 Pt ,具有可以接受的超电势影响。...

一 标题 Title NOTES 标题需要 简单，有效，准确 的体现文章的内容。 使用适合所投期刊类别 (scope) 的词语。 避免使用描述性词语 (Descriptive words)，如 Study, Investigation, or Demonstration，因为它们会降低文章的独特性。 避免使用过度或不必要的形容词，如 Significant Enhancement, Highly Efficient, Novel, Facile, or Green,。 避免在标题中插入一系列的关键词，关键词选取利于文献检索即可，过多则影响文章吸引力。 二 摘要 Abstract An abstract should be written in such a way that any reader who is not familiar with the topic will be able to understand and appreciate the main points of the study. 简单介绍该研究的背景现况。 总结研究所使用方法及关键性结果。 表明研究的重要性，如该研究在更广泛背景下的意义或可能的应用。 NOTES 不要在摘要中引用文献及文中图表。 缩写和首字母缩略词应在首次使用时加以定义。 Examples of Abstracts 三 引言 Introduction A good introduction requires that the authors fully understand the significance of their work and how it fits in with the current knowledge in a specific area. 介绍该研究领域目前最新的进展，讨论文中研究与已发表工作的关系。 进行研究的动机。 该研究对所属知识领域的意义，独创性或贡献。 NOTES 不需提供完整的文献调研。 Do not include or summarize current findings in this section. 四 实验理论方法 Experimental and/or Theoret...

使用的软件：VASP, VESTA, SshClient Definition 差分电荷密度 (deformation charge density) : 成键后的电荷密度与对应的点的原子电荷密度之差。通过差分电荷密度的计算和分析，可以清楚地得到在成键和成键电子耦合过程中的电荷移动以及成键极化方向等性质。 二次差分电荷密度 （difference charge density） ：指同一个体系化学成分或者几何构型改变之后电荷的重新分布。 一 差分电荷密度计算 Charge density difference of system AB: ∆ρ = ρAB − ρA − ρB NOTE: AB, A, B 需放在相同大小的空间格子。 In calculation of the latter two quantities, the atomic positions are fixed as those they have in the AB system. Some NGX NGY NGZ 结构优化后 的自洽计算 mkdir AB mkdir A mkdir B INCAR file SYSTEM=X ISTART=0 ENCUT=350 EDIFF=1E-5 IBRION=-1 POTIM=0.25 NSW=0 # Only electronic-SC loops are performed EDIFFG=-1E-2 ISMEAR=0 SIGMA=0.05 PREC=ACCURATE ISIF=2 NPAR=4 #LWAVE=FALSE #LCHARG=FALSE # CHGCAR is written LREAL=Auto #IALGO=48 ISYM=0 NGX=x # 增加 NGY=y # 增加 NGZ=z # 增加 NGZ NGY NGZ 的获取：在结构优化的 OUTCAR 文件中搜索，设置环境变量后输入 ngx 获得 vi ~/.bashrc alias ngx="grep -A3 'NGX' OUTCAR" source ~/.bashrc POSCAR file cp opt/CONTCAR POSCAR A, B 各自保留优化后的 POSCAR...

使用的软件：VASP, VESTA, EidtPlus，SshClient 一 电荷密度计算 在能带计算完成基础下，拷贝 band 文件夹为 charge cp -rf band charge 编辑 charge 下文件 INCAR SYSTEM=x # x 为注释名 #ISTART=1 # 修改 #ICHARG=1 # 修改 #LORBIT=11 # 修改 ENCUT=350 EDIFF=1E-5 IBRION=2 #POTIM=0.25 # 修改 NSW=0 EDIFFG=-1E-2 ISMEAR=0 SIGMA=0.05 PREC=ACCURATE ISIF=2 NPAR=4 LWAVE=FALSE #LCHARG=FALSE LREAL=Auto #IALGO=48 ISYM=0 LPARD=.TRUE. # 增加，注意打点 IBAND=xxx yyy # 价带顶和导带底所在行数 #KPUSE=1 2 3 4 # 增加 LSEPB=.TRUE. # 增加 LSEPK=.FALSE. # 增加 提交作业，作业完成后，得 PARCHG.0xxx.ALLK 和 PARCHG.0yyy.ALLK 文件，使用软件 SshClient 将文件导出至计算机。 二 图像处理 将 PARCHG.0xxx.ALLK 和 PARCHG.0yyy.ALLK 文件重命名为 得 PARCHG.0xxx.ALLK.vasp 和 PARCHG.0yyy.ALLK.vasp，在软件 VESTA 中打开。 简单编辑：Edit Bonds New search molecules 和 Do not search atoms… Max.length=3 OK 取消勾选 Volumetic date 下的 Show sections. File Export Raster Image PS 处理。 ​

使用的软件：VASP, Origin, EidtPlus 辅助分析计算的小程序： gk.x, pbnf.x 一 能带计算 1 结构优化 建立opt文件夹，编辑以下文件： INCAR SYSTEM=x # x为注释名 ISTART=0 ENCUT=350 EDIFF=1E-5 IBRION=2 POTIM=0.25 NSW=100 EDIFFG=-1E-2 ISMEAR=0 SIGMA=0.05 PREC=ACCURATE ISIF=2 NPAR=4 LWAVE=FALSE LCHARG=FALSE LREAL=Auto IALGO=48 ISYM=0 KPOINTS auto 0 Monkhorst x y z # x y z 为K点选取 0 0 0 POSCAR 导入在 Materials Studio 中转换的坐标信息 POTCAR 导入赝势库中的原子信息，例：GeS cat ~/xxx/PBE/Ge/POTCAR > POTCAR # ~/xxx 为赝势库存放路径 cat ~/xxx/PBE/S/POTCAR >> POTCAR # 原子赝势导入顺序以POSCAR中为准 如果是集群，还需提交作业的脚本 vasp.job 如下 #!/bin/bash #PBS -N vasp #PBS -o job.log #PBS -e job.err #PBS -q batch #PBS -l walltime=100:00:00 #PBS -l nodes=1:ppn=8 source ~/.bashrc cd ~/xxx # ~/xxx 为文件路径 mpirun -np 8 vasp > out </dev/null 提交作业 qsub vasp.job 计算结束后， cat out 查看体系是否收敛，如收敛则进入下一步计算。 2 静态自洽计算 在 opt 文件夹下建立 scf 文件夹，编辑以下文件 INCAR SYSTEM=x ISTART=0 ENCUT=350 EDIFF=1E-5 IBRION=2 POTIM=0.25 NSW=0 # 修改 EDIFFG=-1E-2 ISMEAR=0 SIGMA=0.05 PREC=ACCURATE ISIF=2 ...

Topic Sentence … serve for …, for …, and for … Sentence Pattern 2 Their chief use for …, is in … and …; for …, is in …; and for …, is in …, and … Application Digital products serve for delight, for convenience, and for communication. Their chief use for delight, is in leisure and entertainment; for convenience, is in the free resources and information; for communication, is in the long-distance contact, and instant information exchange. 3. For expert men can excute, and perhaps judge of particulars, one by one; but the general counsels and the plots and marshalling of affairs, come best, from those that are learned. 练达之士虽能分别处理细事或一一判别枝节，然纵观统筹、全局策划，则舍好学深思者莫属。 Particular=trifle 琐事 Marshal Sentence Pattern 3 For …, but …, come best, from those that … Application 普通的朋友可能陪伴你，但是坚定的支持和衷心的慰藉往往来自于那些真正关心你的朋友。 For ordinary friend can accompany with you, but the firm support and heartfelt comfort, come best, from those truly care about you. 4. They perfect n...