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使用的软件：VASP, Origin, SshClient, p4vasp The LDOS , or local density of states, is the the density of state at a particular site of a crystal with some asymetry. For example: A slab will have a different band structure on the surface than in the bulk region. The PDOS is a projected density of states. In the context of VASP this means site-projected DOS, where the information about the different contributions of the different orbitals is computed. You then know which states (spd) contribute at which energy. You have to select the proper LORBIT tag in the INCAR file (e.g. LORBIT=11) to get the spd decomposed DOSCAR file output. The formatting is explained in the DOSCAR file link provided. 一 PDOS 计算 在完成结构优化和静态计算后，拷贝 scf 文件夹为 pdos cp -rf scf pdos 编辑 pdos 文件夹下 INCAR INCAR SYSTEM=x ISTART=1 # change ICHARG=11 # add LORBIT=11 # add ENCUT=350 EDIFF=1E-5 IBRION=2 POTIM=0.25 NSW=0 EDIFFG=-1E-2 ISMEAR=0 SIGMA=0.05 PREC=ACCURATE ISIF=2 NPAR=4 #LWAVE=FALSE #LCHARG=FALSE LREAL=Aut

By George M. Whitesides 1. What is a Scientific Paper ? A paper is an organized description of hypotheses, date and conclusions, intended to instruct the reader. Papers are a central part of research . If you research does not generate papers, it might just as well not have been done. “Interesting and unpublished” is equivalent to “non-existent”. Realize that your objective in research is to formulate and test hypotheses, to draw conclusions from these tests, and to teach these conclusions to others. Your objective is not to “collect data”. A paper is not just an archival device for storing a completed program; it is also a structure for planning your research in progress. If you clearly unstand the purpose and form of a paper, it can be immensely useful to you in organizing and conducting ypur research. A good outline for the paper is also a good plan for the research program. You should write and rewrite these plans/outlines throughout the course of the research. At the

使用的软件：VASP, Origin, SshClient, vaspkit 一 光学性质计算 在完成结构优化和静态计算后，拷贝 scf 文件夹为 optic cp -rf scf optic 编辑 optic 文件夹下 INCAR INCAR SYSTEM=x ISTART=0 ENCUT=350 EDIFF=1E-5 IBRION=-1 # change POTIM=0.25 NSW=0 # change EDIFFG=-1E-2 ISMEAR=0 SIGMA=0.05 PREC=ACCURATE ISIF=2 NPAR=1 # change 4 to 1 #LWAVE=FALSE #LCHARG=FALSE LREAL=Auto #IALGO=48 ISYM=0 NBANDS=x # add LOPTICS=.TRUE. # add 注： NBANDS=x x 为 OUTCAT 中 NBANDS*2, 可使用 grep 命令查询 grep NBANDS OUTCAR 提交作业，计算完成后，可查看 OUTCAR 文件，有计算得出介电常数 (Dielectric constant) 的实部和虚部。 frequency dependent IMAGINARY DIELECTRIC FUNCTION (independent particle, no local field effects) E(ev) X Y Z XY YZ ZX frequency dependent REAL DIELECTRIC FUNCTION (independent particle, no local field effects) E(ev) X Y Z XY YZ ZX 使用 vaspkit 程序对计算结果进行处理。 二 vaspkit 的安装与使用 安装 Installation 使用 SshClient 将已下载的 vaspkit 导入 linux 服务器，安装步骤： tar -zvxf vaspkit.*.t

汇报的是一篇在 jmca 上发表的文章，基于第一性原理计算，第四主族硫族化合物可以作为潜在高效的氧化还原催化剂。 首先介绍一下研究背景，总所周知，燃料电池是一种环境友好的能源转化装置 ，具有较高的能量转换效率和低污染的特点，有规模化应用的前景，当前制约其发展的关键便是其阴极氧化还原反应的效率问题。 1. 传统的电催化材料 Pt 及其合金，具有良好的催化性能，但 Pt 类材料也有明显的缺点，其中最主要的就是Pt益高昂的价格与电极循环过程中的不稳定性。 2. 寻找替代 Pt 的电极催化材料是一个提高燃料电池工作效率的思路。在以往的研究中，科学家在寻找 ORR 电极反应催化材料以替代价格高昂的 Pt 己经取代了一些进展。诸如新型石墨烯杂原子催化剂，二维结构的黑磷，但都有或多或少的问题。 3. GeS 及其衍生物具有类黑磷结构，且稳定性更优于黑磷，该文献便集中对 GeS 及其衍生物进行 ORR 理论研究，探索其是否具有成为高效电极催化剂的潜力 该研究使用的理论计算方法基于密度泛函理论，构建模型时采用导体屏蔽模型和标准氢电极模型，主要使用的软件包是 MS. 实验部分从以下五个方面逐步开展 1. GeS 及其衍生物的结构和电性质，文章基于电荷理论计算及分析，表明该材料可能作为 ORR 催化剂。 2. 该材料对于氧气分子的吸附解离，通过计算，得出氧气分子结合该材料的最优几何构型及其吸附能与解离能，可以看出其解离势能在降低，故氧气的吸附解离可正常进行。同时 SnS 由于其较低的结合能，发现在氧气环境下不稳定，故不适合作为催化剂。 3. 该材料对于 ORR 中间体的吸附，图示为各个中间体与该材料的吸附构型以及其吸附能，可看出材料对于 CO 具有较低的吸附能，推测材料对于 CO 有更好的耐受性。同时文章通过模拟发现，GeS 在酸性介质中具有较高的稳定性，该催化反应可能为四电子路径。 4. ORR 机制，图示为在酸性环境下，两种可能的催化机理，然后是通过两种机理所计算的反应自由能变化，可看到反应自由能一直在降低，该催化反应在热力学上可顺利进行，同时可通过对比发现，直接过程的第一步反应自由能降大于非直接过程，故该反应机理可能为直接过程。 5. 超电势的影响，文章计算了在酸性环境下各个物质的超电势，可看出 GeS 的超电势略高于 Pt ,具有可以接受的超电势影响。

一 标题 Title NOTES 标题需要 简单，有效，准确 的体现文章的内容。 使用适合所投期刊类别 (scope) 的词语。 避免使用描述性词语 (Descriptive words)，如 Study, Investigation, or Demonstration，因为它们会降低文章的独特性。 避免使用过度或不必要的形容词，如 Significant Enhancement, Highly Efficient, Novel, Facile, or Green,。 避免在标题中插入一系列的关键词，关键词选取利于文献检索即可，过多则影响文章吸引力。 二 摘要 Abstract An abstract should be written in such a way that any reader who is not familiar with the topic will be able to understand and appreciate the main points of the study. 简单介绍该研究的背景现况。 总结研究所使用方法及关键性结果。 表明研究的重要性，如该研究在更广泛背景下的意义或可能的应用。 NOTES 不要在摘要中引用文献及文中图表。 缩写和首字母缩略词应在首次使用时加以定义。 Examples of Abstracts 三 引言 Introduction A good introduction requires that the authors fully understand the significance of their work and how it fits in with the current knowledge in a specific area. 介绍该研究领域目前最新的进展，讨论文中研究与已发表工作的关系。 进行研究的动机。 该研究对所属知识领域的意义，独创性或贡献。 NOTES 不需提供完整的文献调研。 Do not include or summarize current findings in this section. 四 实验理论方法 Experimental and/or Theoret